Das Haus Brauhausstraße 2 nahe der Fulda wurde lange Zeit von der ehemaligen jüdischen Gemeinde in Rotenburg genutzt. In ihm befinden sich verschiedene rituelle Bäder: ein Tauchbecken aus dem 15. Jahrhundert in etwa 4 Metern Tiefe (Grundwasser-Mikwe), ein Tauchbecken für zugeleitetes Wasser aus dem 19. Jahrhundert mit einem blau-weiß gefliesten Bassin von 1925 sowie ein Schacht für die rituelle Reinigung von Geschirr und Schächtmessern. Außerdem wurde der Sockelring eines gemauerten Ofens für die Zubereitung von Warmwasser freigelegt.

Nach den Pogromen im November 1938 war das teilweise beschädigte Haus verkauft und von dem neuen nichtjüdischen Besitzer zu einem Wohnhaus umgebaut worden. Seit dem Jahr 2000 befindet es sich in städtischem Besitz. Der neu gegründete Förderkreis Jüdisches Museum bemühte sich um die Freilegung der Mikwe und die Einrichtung einer Gedenk- und Begegnungsstätte, die er bis heute betreut. Das Museum konnte im September 2006 unter Beteiligung von Nachkommen ehemaliger jüdischer Familien feierlich eingeweiht werden.

Die Dauerausstellung im Obergeschoss widmet sich sechs Jahrhunderten jüdischen Lebens in der Stadt und der Region seit dem Mittelalter. Hier werden religiöse Objekte, wie zum Beispiel die beschädigte Torarolle aus der ehemaligen Rotenburger Synagoge, sowie persönliche Erinnerungsstücke jüdischer Familien gezeigt und erläutert. 2008 wurde die Rotenburger Mikwe aufgrund ihrer Besonderheit in die Reihe der nach der Haager Konvention besonders schutzwürdigen Objekte aufgenommen. Seit September 2025 erinnert ein Brunnen vor dem Museumsgebäude an den Holocaust.