Das Ikonenmuseum, das zu den größten seiner Art in Westeuropa gehört, stellt die vielfältige Kultur und Kunst der Ostkirche dar. Initiiert durch die großzügige Schenkung von über 800 Ikonen des Königsteiner Arztes Dr. Jörgen Schmidt-Voigt eröffnete es 1990 im ehemaligen Refektorium des Deutschordenshauses, das 1709 bis 1715 errichtet und im Zweiten Weltkrieg stark zerstört worden war. Die von dem bekannten Architekten Oswald Mathias Ungers (1926–2007) damals neu gestaltete Innenarchitektur ist bis heute ein Anziehungspunkt.

Den Sammlungsschwerpunkt bilden russische Ikonen des 16. bis 19. Jahrhunderts. Seit 1999 verfügt das Museum auch über die Ikonensammlung der Staatlichen Museen zu Berlin – Skulpturensammlung und Museum für Byzantinische Kunst (Dauerleihgabe). Auf diese Weise konnte es Werke berühmter russischer Ikonenmaler wie Michail Miljutin und italo-kretischer Maler wie Emmanuel Tzanes und Angelo Bissamano hinzugewinnen.

Ikonen sind Bilder der Verehrung für orthodoxe Christen, sowohl im kirchlichen Bereich (Ikonostase) als auch in der häuslichen Umgebung („Schöne Ecke“). Die Verehrung von Ikonen im Rahmen des byzantinischen Ritus erstreckt sich von Nordrussland über das Baltikum, vom Nahen Osten bis nach Nordafrika. Eine wertvolle Sammlung äthiopischer Ikonen ist in einem eigenen Kabinett ausgestellt.